Speziell in Maissilagen, vereinzelt auch bei Grassilagen, können Probleme in Form von Schimmelknollen/-platten/-schichten in einer Tiefe zwischen
ca. 20–60 cm unter der Oberfläche, meist in der gut verdichteten Silomitte, auftreten. Ist der Schimmel rot, handelt es sich um Monascus ruber. Bei Blaufärbung ist der Schimmelpilz Penicillium roqueforti im Spiel. Diese Pilzarten brauchen sehr wenig Sauerstoff, um sich zu entwickeln. Sie prägen sich meist erst stärker nach Siloöffnung aus und führen zu konzentrierten, kompakten Schimmelnestern, in deren Kern und näherer Umgebung die Silage verdorben wird. Die Säuren werden durch die Schimmelpilze aufgelöst, dadurch steigt der pH-Wert meist über 7,0 an und Geruch sowie die Struktur der Silage verändern sich negativ. Oft riecht Grassilage muffig bzw. stechend wie Schimmelkäse. Außerdem greift sich verschimmelte Silage häufig schmierig an. Die Schimmelstellen müssen sorgfältig entfernt werden. Verschimmelte Silage darf nicht verfüttert werden, da die verdorbene Silage zu Erkrankungen der Nutztiere führen könnte.
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